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GENOME-TRACKR, LA INICIATIVA DE EEUU PARA MONITOREAR PATÓGENOS ALIMENTARIOS.


Recientemente se ha anunciado que somos 8 mil millones los humanos habitando nuestro planeta tierra. Con una población en continuo crecimiento, la necesidad de producir alimentos es mayor. Sin embargo, debemos considerar que estos pueden ser portadores de patógenos que generan enfermedades en los seres humanos.

En este contexto, muchos países quieren hacer uso de tecnología de última generación para estudiar, normar y explicar la contaminación bacteriana de lo que la población consume. 

Estudiar, normar y explicar la contaminación bacteriana de lo que consumimos

¿Qué es el GenomeTrakr?

El GenomeTrakr es una Red de Laboratorios en Estados Unidos que aíslan, patógenos de origen alimenticio y los caractrizan molecularmente utilizando tecnología de secuenciación de genomas completos (WGS por sus siglas en inglés). La red está distribuida en 32 estados y tiene más de 55 laboratorios que se alojan en Universidades, Laboratorios Estatales y Laboratorios Federales. Además, esta iniciativa cuenta con otros laboratorios fuera de EEUU que pertenecen a la Red.

El objetivo del “GenomeTrakr” es obtener las secuencias genéticas de colecciones relevantes de patógenos alimentarios. Estas muestras tienen un origen variado y van desde colecciones históricas de brotes de enfermedades transmitidas por alimentos (ETAS), hasta muestras de alimentos de países que exportan sus productos a EEUU. 

La información genómica recolectada se carga a las bases de datos del “National Center for Biotechnology Information” (NCBI) y se hace pública  para que investigadores y epidemiólogos de todo el mundo puedan hacer uso de ella. 

IMPORTANCIA DE CONOCER DATOS GENÓMICOS

La información genética generada sirve para hacer comparaciones entre microrganismos y asociarlos a la cadena de producción y consumo.  En este punto podemos hablar de epidemiología molecular aplicada a la prevención de ETAs. Esta información ha sido usada para realizar retiro de alimentos del mercado, explicar el origen de brotes de ETAs y estudiar la evolución de patógenos importantes como SalmonellaCampylobacter o Listeria

IMPACTO INTERNACIONAL

Si bien esta iniciativa nace para generar información de impacto en USA, la factibilidad de usar los datos de manera libre por investigadores de todo el mundo ha tenido un impacto internacional. 

Un ejemplo de estas aplicaciones es nuestra publicación sobre “Genomas completos de Salmonella de la industria avícola”. En esta publicación detectamos señales genéticas de un clon de Salmonella que podría haber sido introducido a Ecuador desde otros países por efecto de la importación de materias primas.

Desde hace décadas se han generado esfuerzos internacionales para hacer el seguimiento de estos patógenos, pero con la resolución de las técnicas del pasado, las conclusiones siempre podían ser discutidas. La era de los genomas completos ha llegado y pronto se implementará en todos los países. Las consecuencias comerciales, económicas y normativas que pueda tener este tipo de información serán el tema de discusión en la próxima década y es nuestra responsabilidad estar preparados e informados.

Estamos seguros de que desde la academia podremos hacer grandes contribuciones en este y otros temas en los que el manejo de “Big Data” es la tónica para entender a los microorganismos y su dinámica en los alimentos.

 

Dr. Christian Vinueza, Ph.D.

Unidad de Investigación de Enfermedades Transmitidas por Alimentos y Resistencias a los Antimicrobianos (UNIETAR). www.unietar.org

Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia. Universidad Central del Ecuador.

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